【摘要】目的 建立基于重组酶介导等温扩增技术(RAA)-规律间隔成簇短回文重复序列/相关蛋白(CRISPR-Cas13a)系统检测肺炎克雷伯菌(KP)的方法。方法 设计筛选检测KP特异的CRISPR RNA(crRNA)和RAA引物对,建立基于RAA-CRISPR-Cas13a技术快速准确检测KP的方法。RAA-CRISPR系统和荧光定量PCR(RT-qPCR)方法比较使用合成的KP质粒。从铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、大肠埃希菌和肺炎链球菌临床菌株中提取基因组DNA,进行RAA-CRISPR检测,评估该方法的特异性。收集2023年4月至2024年3月中国医学科学院北京协和医院50份临床样本(包含30份细菌培养KP阳性样本和20份KP阴性样本),分别使用RAA-CRISPR和RT-qPCR方法进行KP检测,比较两种方法的灵敏度、阳性符合率和阴性符合率。结果数据应用方差分析和配对t检验方法进行分析。结果 使用KP阳性质粒筛选出检测KP效果最佳的crRNA和RAA引物,建立了CRISPR-Cas13a检测KP的方法。RISPR-Cas13a检测KP质粒的灵敏度可达1拷贝/μl,高于RT-qPCR(10拷贝/μl);特异性评价结果显示,未与非靶标菌株产生交叉反应,提示CRISPR-Cas13a系统特异性较好。样本检测以细菌培养为金标准,RAA-CRISPR和RT-qPCR两种方法的灵敏度分别为100%(30/30)和83.3%(25/30);两种检测方法的阳性符合率分别为100%(30/30)和83.3%(25/30),阴性符合率均为100%。结论 本研究将RAA扩增技术与CRISPR-Cas13a技术相结合,建立了准确检测KP的方法,该方法可精准检测KP,有助于临床诊断KP感染以进行及时有效地治疗。
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