目的 分析绵阳地区3～5岁儿童的口腔微生物菌群结构，探究其对患龋的影响。方法 对2023年3月～6月绵阳地区10所幼儿园的136例3～5岁儿童进行口腔流行病学调查，筛选患龋儿童和口腔健康儿童各68例，分别作为观察组和对照组。收集两组儿童唾液样本，提取其全基因组脱氧核糖核酸（DNA）并进行16S核糖体脱氧核糖核酸（16S rDNA）高通量测序，采用独立样本t检验、PCoA、非参数协方差分析（PERMANOVA）、相似性分析（ANOSIM）、Wilcoxon秩和检验比较两组儿童口腔样本微生物菌群多样性、物种组成结构、优势菌群及功能差异。结果 α 多样性分析结果显示，观察组儿童Shannon指数（3.02 ± 0.70）和Simpson指数（0.86 ± 0.35）显著高于对照组（2.70 ± 0.46、0.67 ± 0.15），差异均有统计学意义（t = 3.150、P = 0.002，t = 4.115、P ＜ 0.001）；主坐标分析（PCoA）显示两组儿童口腔菌群呈现显著分离（F = 3.428、P ＜ 0.001），且对照组与观察组间的Bray-Curtis距离（0.58 ± 0.22）显著高于组内（R = 0.659，P = 0.003）。属层级水平上，观察组儿童唾液样本中的链球菌属、纤毛菌属、巨球形菌属和普雷沃菌属丰度显著高于对照组，嗜血杆菌属、梭杆菌属、志贺菌和大肠埃希菌属丰度显著低于对照组（P均＜ 0.05）；种层级水平上，观察组儿童的副流感嗜血杆菌丰度显著低于对照组，纤毛菌IK040、产黑普雷沃菌、洛氏普雷沃菌丰度显著高于对照组，差异均有统计学意义（P均＜ 0.05）。观察组儿童磷酸戊糖途径、丙酮酸代谢和丙脂酸代谢丰度显著低于对照组，差异均有统计学意义（P均＜ 0.05）。结论  与健康儿童相比，龋病儿童口腔微生物菌群多样性增加，结构紊乱。