【摘要】目的 评价二代测序共有序列对人类免疫缺陷病毒（HIV）优势准种分析的代表性和准确性。方法 共收集29个HIV感染病例的32份全血样本，其中3个病例在随访期间发生耐药，分别采集治疗前和耐药后的两份样本。提取样本DNA，分别用二代测序和一代测序方法测定HIV pol区扩增产物序列。利用软件Sequencher（4.10.1）和Bowtie 2（v2.2.5）处理一代和二代测序数据，并利用自建分析脚本确定二代测序共有序列，利用Mega软件进行聚类分析，比较二代测序共有序列与一代测序序列的差异。结果 聚类分析结果表明，90.6%（29/32）来自于同一样本的序列被聚类在同一分支上，平均可信度为95.5%；与一代测序序列结果相比，二代测序平均每个碱基准确率为99.6%，完全不一致位点中碱基转换占81.6%（155/190），数量最多的为鸟嘌呤（G）:腺嘌呤（A），共74个（占39.0%、74/190）。结论 二代测序共有序列与一代测序序列具有较高的一致性，二代测序共有序列可用于HIV优势准种分析，具有较好的代表性和准确性。