【摘要】目的 比较并评价两种商业化MALDI-TOF MS系统——Bruker Biotyper和Vitek-MS在临床常规实验室细菌鉴定中的应用。方法 收集沈阳军区总医院2011年1月至2013年6月临床分离的细菌共238株（包括40个菌属和81个菌种）。按照本实验室临床菌株年分离率，将其分为临床常见菌（149株）和不常见菌（89株）。同时采用两种MALDI-TOF-MS系统对上述菌株进行鉴定，结果与Vitek2 compact常规生化鉴定进行比较，对3种方法检测结果不一致菌株用16 S rDNA测序确认。 结果 本研究238株细菌中，Bruker Biotyper和Vitek-MS属的正确鉴定率分别为95%和90%，种的正确鉴定率分别为91%和87%，无鉴定结果的菌株分别为11株和21株。在149株常见细菌中，Bruker Biotype属和种的正确鉴定率分别为98%和96%，Vitek- MS属和种的正确鉴定率分别为97%和95%。89株不常见细菌中，Bruker Biotype和Vitek-MS属的正确鉴定率分别为90%和79%，种的正确鉴定率分别为83%和73%，无鉴定结果的菌株分别为8株和16株。 结论 Bruker Biotype属的正确鉴定率高于Vitek-MS；两者种的鉴定水平相似。对不常见细菌，Bruker Biotype属的正确鉴定率高于Vitek-MS。两种质谱仪数据库都有进一步完善的空间。