【摘要】 目的 探讨手足口病患者不同样本病毒检出率差异，为手足口病检测样本的选择和疫情控制提供一定依据。方法 用实时荧光定量PCR技术，通过一步法RT-PCR扩增对55例临床确诊为手足口病住院患儿的咽拭、肛拭、血液和尿液样本进行肠道病毒71型（EV71）和柯萨奇病毒A16型（CoxA16）PCR-荧光探针核酸检测。结果 本组患者咽拭样本阳性37例（67.3%），肛拭样本阳性34例（61.8%），差异无统计学意义（χ2 = 0.8，P ＞ 0.05）；血液样本阳性13例（23.6%），尿液样本阳性9例（16.4%），差异无统计学意义（χ2 = 2.25，P ＞ 0.05）；血液、尿液样本阳性率同咽拭样本比较，差异均具有统计学意义（χ2分别为22.0和26.0，P均＜ 0.005）；肛拭、咽拭均阳性的33例样本中有9例肛拭样本的循环阈值（CT）小于咽拭，占24.2%（9/33）。结论 为获得病原学依据，应对咽拭阴性的患者可进行肛拭样本检测。在疫情防控中，对手足口病患儿血液、尿液可能造成的感染应引起重视。