【摘要】目的 分析2010和2011年济南市2株手足口病柯萨奇病毒A16（CVA16）VP1区核苷酸（氨基酸）变异和进化特征，探讨CVA16基因变异与临床特征间的关系。方法  选取CVA16引起的手足口病患儿的咽拭子标本，以RT-PCR法扩增其VP1区3’-端核苷酸序列（约400 bp），所得序列与近几年中国内地和1951~2010年世界范围CVA16分离株进行核苷酸序列比对，并分析VP1区氨基酸的变异。结果 本研究中2个患儿均有典型的手足口病表现：发热，双手、足红色皮疹和口腔黏膜散在的疱疹，其中JN2011-B11有轻微的肝功能损害。此2株CVA16均属于B1b基因型，与2008年中国株（QH0549T）的同源性最高，核苷酸和氨基酸的同源性分别为96.0%和99.1%。近11年中国内地CVA16 VP1区3’-端氨基酸序列变异很小，仅在225、235和266三个位点出现。系统发生显示世界范围内2001年后的流行株以B1a和B1b为主。结论  近11年来，中国内地CVA16毒株VP1区基因的变异程度较低，核苷酸变异率为4%~12.7%。本研究2个济南株核苷酸和氨基酸同源性均较高，达97.7%和96.8%。基因的变异与临床特征的相关性尚有待于进一步验证。