目的  了解2010年北京地区儿童手足口病住院患者的病原体分布情况，为手足口病的诊断、治疗及预防提供依据。方法  本次研究共采集到337例手足口病住院患儿的咽拭子标本，采用肠道病毒（EV）通用型、柯萨奇病毒A16（CA16）型、肠道病毒71（EV71）型核酸检测试剂盒，应用实时逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）法进行检测。结果  肠道病毒阳性标本占总数的63.2%（213/337）。其中，EV71阳性标本占总数的40.36%（136/337）；CA16阳性标本占总数的5.64%（19/337）；其他未分型肠道病毒阳性标本占总数的17.21%（58/337）。结论  2010年北京地区儿童手足口病住院患者的病原学以EV71为主，非CA16和EV71型肠道病毒感染率已经显著高于CA16型肠道病毒感染。